既然已经来了，就不废话PyMOL多好了，直接进入主题。

1 PyMol版本对比

Pymol现在由Schrödinger开发、支持和管理，现在已经更新到2.3版。有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。付费的官方版能提供最完整的功能（如Ctrl + Z的撤回等）、相应的技术支持、最新的使用文档等。免费开源版与付费版的对比见此链接Compare Versions。

2 开源版PyMol 2.1的安装

本次安装的是开源版的pymol 2.1，系统平台为64位Win10，Anaconda 3，python 2.7。安装主要参考的是Windows Install - PyMOLWiki，Linux和Mac用户也可以从这里找到链接指导安装。说明一点的是安装python 2.7 + pymol 2.1是因为我在安装和使用依赖于python 3的pymol 2.3版时遇到些小问题（如需要pmw补丁等，但基础使用好像没问题）。考虑到pymol是在python 2上开始开发的，可能版本转换上还不是非常完美，所以决定装python 2.7 + pymol 2.1。

为避免包的冲突，咱充分利用Anaconda的环境管理功能，给pymol单独创建一个环境，并进入环境。

conda create -n yourenvname python=2.7
conda activate yourenvname

由于pymol的包要用pip安装，所以上面都没有用conda其他安装包（如numpy, mkl, pmw，scipy等），下面用pip安装，当你启动pymol时，它也会提示你还需要哪些未安装的依赖包。我使用的是UC Irvine实验室提供的whl文件来安装的，下载相应版本的whl。pymol的启动器pymol launcher非必需安装。（注意：我在安装python 3.7 + pymol 2.3时需要将pymol包的文件名修改后才能安装：从pymol‑2.3.0‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl 到pymol‑2.3.0‑cp37‑none_amd64.whl）

下载好后就可以cd到相应的文件夹，然后pip安装了

# 先装些依赖包
pip install numpy mkl pmw
# 然后安装pymol 2.1
pip install pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
# 或者如果需要安装launcher的话
pip install pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl

然后其实就可以使用了。在Anaconda prompt中输入pymol用命令启动，或者在安装环境文件夹中找到PyMOL.exe文件双击就可以用了（当然用创建个链接到这个文件后就更方便使用了）。

启动后pymol会自动检测运行环境，可能有些插件还需要补充依赖包，如果需要直接pip安装就行。另外，还可以在添加一些插件Plugin，方法在里有Windows Install - PyMOLWiki，就不赘述了。不过我发现，在python 3 + pymol 2.3里，你还需要在pymol的plugin里手动安装下才能显示并使用。

我在使用时发现基于结构的比对算法tmalign pymol本来没带，后期另外再说怎么加上这个工具吧。当然pymol有个类似的super命令，但我还没用会，而且感觉可能没tmalign好。

3 学习资源

如前所说，只有官方付费版才有最新最全的使用文档。PyMOLWiki是一个学习的地方，还有比较老的（2004）用户手册可以在这找到

如果这个打不开的话，pdf版的可以在下面链接找到。

更新：

python 2已经退休了，最近安装了python 3版本的，如评论区基本没什么问题。出现了插件pmw报错，将其卸载并重新安装pmw-2.0.1-py3-none-any.whl就行。

（各位需要使用文档的请自行按上面链接下载。抱歉已经不再发邮件了。）